Η φιλοσοφία της Φάρμα Κουκάκη βασίζεται στην παραγωγή ασφαλών προϊόντων με υψηλές ποιοτικές προδιαγραφές, που να ικανοποιούν τις ανάγκες του σύγχρονου καταναλωτή. Για την επίτευξη του στόχου αυτού υιοθετήθηκαν και εφαρμόζονται οι αρχές και η μεθοδολογία διεθνών προτύπων ποιότητας.
Τα συστήματα ποιότητας αναπτύσσονται και εφαρμόζονται από τους εργαζομένους της εταιρίας προσαρμοσμένα στις ανάγκες και τις διαδικασίες αυτής, ώστε να καθίστανται λειτουργικά, δυναμικά και επίκαιρα και να αποτελούν απαραίτητα και χρήσιμα εργαλεία στην καθημερινή εργασία, στο πλαίσιο της ανάπτυξης και βελτίωσης διεργασιών και προϊόντων όπως και στην συνεργασία με πελάτες και καταναλωτές.